A romváros nem szárazföldön, hanem kisebb-nagyobb mesterséges szigetek formájában bukkan elő a tengerből. Ez az egyik nagy különlegessége, amely miatt a mennyország zátonyának, illetve a Csendes-óceán Velencéjének is nevezik. A korallból, illetve kőből létrehozott szigetek összesen egy másfél kilométer hosszú és fél kilométer széles területeten terülnek el a partok mentén.
A 8-9. századtól kezdve felépített Nan Madol egykor nem csupán politikai, de vallási, rituális központ is volt, sőt, a legenda szerint a várost varázslók építették. Olisihpa és Olosohpa ikrek voltak, akik egy hatalmas kenuval érkeztek a partokhoz, miközben olyan helyet kerestek, ahol templomot és oltárt emelhetnek Sahpw-nak, a gazdálkodás istenének. A hatalmas köveket, amelyekből a szigeteket építették, egy repülő sárkány segítségével mozgatták. Egyikük idősebb korában meghalt, másikuk pedig egy helyi nőt vett feleségül, és megteremtette az itt uralkodó dinasztiát. Hosszú ideig békében éltek, egészen a harcos Isokelekel támadásáig, aki lerombolta a várost, ahol valamikor körülbelül ezer ember élt.
A rituális és temetkezési szigetek keletkezése régóta foglalkoztatja a kutatókat, nem tudják ugyanis egyértelműen megmagyarázni, az ottaniak miként tudtak ekkora köveket megmozgatni. Emiatt nem véletlen, hogy a környéken élő őslakosok a fekete mágiához kapcsolják a helyet, mint ahogy az sem, hogy többen is fejlett civilizációk által uralt, elveszett kontinensek darabját látják Nan Madolban.
Mindez részben annak köszönhető, hogy a város nem a szárazföldön található, emellett újabb és újabb részei bukkannak elő a tengerből, sőt, búvárok régóta keresik a helyiek által emlegetett, titkos víz alatti alagutakat. James Churchward Mu elveszett kontinensét látja a titokzatos városban, David Hatcher Childress szerint pedig egykor egy másik elsüllyedt világhoz, Lemuriához tartozhatott.
Däniken pedig egyenesen a földönkívüli lényekhez köti a helyet, akik azért landoltak egykor bolygónkon, hogy az ősi népeknek átadják asztronómiai, matematikai és mérnöki tudásukat.
